Нет. После конвертирования формируются только слои по типам объектов, отдельные слои с подписями, участками, строениями, сооружениями, границами, лесничествами, ОКН, ООПТ, территориальными зонами, тематические карты и др. Множество слоев для каждого квартала не будут вам мешать. При необходимости можно конвертировать каждый квартал отдельно.